Cuando se monta una particion fat32 en linux, por lo general, las configuraciones por defecto le indican al sistema que renombre para si mismo todas las carpetas con nombres completamente en mayusculas a minusculas, como el caso de WEB-INF. Entonces, el problema comienza cuando se abre eclipse. Eclipse está configurado por defecto para que la carpeta WEB-INF esté en mayuscula y es case sensitive, Por eso se arma un despelote cuando uno abre eclipse y despues tenes dos WEB-INF: uno con mayusculas y otro con minusculas. En el con mayusculas, se van a guardar por defecto los .class que se generen.
Para corregir esto, se tiene que agregar en la linea en que se describe el montado de la particion fat32 lo siguiente:
shortname=mixed
Según el man de mount:
"mixed: Display the short name as is; store a long name when the short name is not all upper case."
Entonces la linea del /etc/fstab quedaria como algo así:
/dev/sda5 /media/discoD vfat rw,nodev,shortname=mixed,utf8 0 0
Si hay mejores soluciones, avisen.
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